Già esistente all'inizio del XII secolo con il titolo di S.Clemente, la chiesa (che ora si trova in via Realdo Colombo)subì, nel corso dei secoli, numerosi interventi di restauro e rifacimento. Tra il 1480 ed il 1484 venne ampliata dall'architetto L. Pozzali, come testimonia l'iscrizione posta nel catino absidale, mentre la facciata ed il fianco lungo la via XI Febbraio rimasero inalterate. Nel 1630 l'interno venne nuovamente rimaneggiato in stile barocco, abbassando le cappelle laterali e mutando la forma delle finestre circolari. In seguito venne costruita la cappella del Rosario. La chiesa venne riportata allo splendore originario dai restauri del 1964. La facciata monocuspidata è coronata da tre pinnacoli riccamente decorati in cotto. Il restauro del 1630 aveva trasformato il rosone centrale in una serliana, demolita nel 1964. Dell'intervento secentesco rimangono le finestre laterali a mezzaluna e la serliana posta sopra la porta del lato sinistro. L'interno è a navata unica con cappelle laterali. Partendo dall'ingresso, a destra, notiamo, all'altezza della terza campata, la cappella del Rosario, decorata con quadrature, volute e fiori, attribuita a Giovan Battista Zaist secondo alcuni ed a A. M. Panni secondo altri. Nel presbiterio, dietro l'altare maggiore eseguito a tarsia marmorea del 1748, si trova, entro un'imponente ancona lignea dorata, un polittico di Galeazzo Campi, Tommaso Aleni ed altri, che rappresenta, al centro, la Natività, mentre negli scomparti laterali si trovano figure di Santi; il fastigio è occupato dal Cristo Risorgente, mentre la predella presenta le Storie della Vita di S.Maria Maddalena. Il polittico risale agli inizi del XVI secolo. L'abside è stata riportata nella sua forma originale, poligonale divisa in spicchi, coperta da volta ad ombrello, dal restauro del 1964. Le vele sono contornate da decorazioni tipiche del gotico-fiorito. Nella parte alta del catino si possono ammirare i Dodici Apostoli affiancati a due a due negli spicchi, figure di Santi ed alcune Madonne, tutti da ricollegare alla pittura tardogotica riecheggiante, seppur lontanamente, i modi del Bembo. La chiesa assunse il nome attuale quando vi venne trasferita un'immagine venerata della Santa fino ad allora consevata nell'Oratorio di porta Ognissanti.